Boa tarde, Roberta,
Essa é uma situação bem interessante e merece uma análise cuidadosa, porque envolve alguns pontos que precisam ser ponderados em conjunto.
Sobre a posição da empresa
O raciocínio apresentado pela empresa é juridicamente defensável, especialmente considerando que não houve rescisão contratual, mas sim uma transferência dentro do mesmo grupo econômico. O artigo 2º da CLT reconhece a responsabilidade solidária das empresas do mesmo grupo econômico, e a continuidade do vínculo empregatício sem ruptura é um elemento importante para sustentar a manutenção dos descontos.
A autorização prévia para desconto em folha, combinada com a ausência de desligamento formal, reforça bastante essa posição. Não seria razoável exigir uma nova autorização quando o próprio contrato de trabalho não foi encerrado.
O problema central que precisa ser resolvido
O ponto mais urgente aqui não é discutir se a empresa pode ou não descontar, mas sim o fato de que o colaborador está sendo cobrado em duplicidade: uma vez pela empresa via folha de pagamento, e outra vez pelo banco diretamente na conta bancária dele. Isso é um problema sério que precisa ser corrigido o quanto antes, independentemente de qualquer outra discussão.
O banco, ao perceber a alteração de CNPJ do empregador, pode ter interpretado isso como um novo vínculo e deixado de processar corretamente as informações do eSocial, passando a cobrar diretamente. Isso é algo que acontece com certa frequência nesse tipo de transferência.
O que a empresa deve fazer agora
O caminho mais importante é entrar em contato com o banco de forma oficial e documentada, informando que houve apenas uma transferência dentro do mesmo grupo econômico, sem rescisão contratual, e que os descontos em folha estão sendo realizados e recolhidos normalmente via FGTS Digital/eSocial. O banco precisa cessar os débitos diretos na conta do colaborador e, se já houve cobrança dupla em algum mês, deve realizar o estorno dos valores cobrados indevidamente.
Recomendo também verificar se o vínculo no eSocial está corretamente configurado para refletir a transferência, e não como um novo contrato zerado, porque isso pode estar gerando a confusão no sistema do banco.
Conclusão
A empresa está correta em manter os descontos em folha, desde que a autorização do colaborador esteja devidamente documentada e que os recolhimentos estejam sendo feitos de forma regular. O que não pode continuar é a cobrança dupla, que prejudica o colaborador e pode gerar passivo trabalhista para a empresa.
Se o banco não resolver de forma administrativa, a empresa pode precisar emitir um comunicado formal ao colaborador reconhecendo a situação e orientando-o a buscar ressarcimento junto à instituição financeira, deixando claro que a empresa está cumprindo sua parte corretamente.