Olá, Sabrina.
Se ela ainda não tem formação, não está registrada no Conselho de Classe, não pode exercer esta função. Como você já sabe, esta é uma atividade não permitida ao MEI. Logo, não conseguirá proceder com a emissão da NF com a referida atividade.
Sugiro que veja a possibilidade de ser registrada pela empresa como estagiária, de modo que aparecerá na folha de pagamentos. Infelizmente, eu não vejo outra opção.
Espero ter ajudado