Pelo que você relatou, você seguiu os passos corretamente,,mas também fez algumas alterações nos funcionários, colocando todos na modalidade 9, exceto um na modalidade em branco.
Além disso, você disse que ficou com dúvida sobre o estado e a base de arrecadação. O estado é o estado onde a empresa está localizada, e a base de arrecadação é o município onde a empresa está localizada. Você deve informar esses dados de acordo com o cadastro da empresa na Receita Federal.
Quanto à individualização, você disse que recebeu o arquivo como arquivo catalogado. Isso significa que o arquivo foi processado com sucesso e que os valores foram individualizados nas contas dos funcionários. Você pode conferir isso solicitando o extrato analítico do FGTS na agência da Caixa ou no site FGTS On-Line.
Segue cartilha de individualização de valores recolhido do FGTS caso tenha interesse em revisar: Cartilha_Individualizacao_FGTS_v2.0.pdf (econeteditora.com.br)
Espero ter ajudado