Olá Mirele, boa noite.
A ocorrência de pagamento duplicado do FGTS pode ter sido resultado de um erro no processamento da folha de pagamento ou na geração da Guia de Recolhimento do FGTS (GRF). Para evitar problemas futuros, é recomendável revisar os registros da folha de pagamento e a geração da SEFIP para identificar possíveis inconsistências. Além disso, certifique-se de que os dados enviados na SEFIP estejam corretos e que não haja duplicidade de informações.
Espero ter ajudado!