Olá Mateus, tudo bem?
Para o cálculo dos encargos do INSS você deve considerar o valor total das remunerações, ou seja, a soma do salário + ajuda de custo, antes dos descontos previdenciários. Se o pró-labore for formalmente registrado na folha de pagamento, ele entra na base de cálculo também.
Espero ter ajudado.