Olá Freddy, tudo bem?
Às vezes é necessário extrair o mesmo arquivo duas vezes para que ele apareça corretamente e possa ser importado no SEFIP. Primeiro, você deve extrair o arquivo de dentro do ZIP e salvar em uma pasta. Depois, entre na pasta onde o arquivo foi salvo e extraia novamente esse arquivo, pois ele também pode estar compactado. Somente após essa segunda extração o SEFIP conseguirá reconhecer corretamente o conteúdo para importação.
Sobre a folha de pagamento, se você não tem os dados originais da época, será necessário cadastrar os colaboradores manualmente no SEFIP, informando nome, PIS, categoria e a remuneração de cada um referente à competência em atraso. No próprio SEFIP, é possível simular o fechamento antes de gerar a guia, o que ajuda a conferir se os valores estão corretos antes do envio.
Espero ter ajudado.