Bom dia,
o Valor pago de licença maternidade ele e isento de imposto de renda, ele vai vim na aba rendimentos isentos e não tributáveis, por esse motivos os rendimentos tributáveis vem menor, e mesmo que a funcionária receba um salário alto, o valor referente ao salário-maternidade não será tributado na fonte e deve ser informado como rendimento isento e não tributável na declaração de imposto de renda.
Espero ter ajudado!!!