Boa tarde!
Como a PF já faz a contribuição em cima do teto máximo no seu vínculo empregatício, ela não precisa recolher INSS na sua retirada PRO-LABORE, pois já está sendo feito o recolhimento em cima do teto máximo.
Você precisa fazer a informação de múltiplos vínculos, provavelmente no seu sistema tem esse campo, no cadastro da PF você informa o vínculo CLT com sua Remuneração e valor de INSS que já está sendo recolhido, assim seu sistema não irá fazer o desconto do INSS no pro-labore, devida informação que você irá informar no cadastro da PF.