Olá Maria Larissa, tudo bem?
Primeiro é preciso verificar se o vínculo na prefeitura é estatutário (RPPS) ou celetista (RGPS).
Se for estatutário (RPPS), ele não precisa contribuir como empresário, e os valores pagos ao INSS podem ser recuperados por compensação ou restituição, através do PerDComp Web no portal e-CAC.
Se for celetista (RGPS), a contribuição como empresário só é obrigatória se a soma dos salários não ultrapassar o teto do INSS. Se pagou a mais, também pode pedir compensação.
Espero ter ajudado.