Olá Drielly, tudo bem?
A partir do FGTS Digital, a conta do FGTS do trabalhador deixou de estar vinculada ao CEI do produtor rural e passou a ser vinculada apenas ao CPF do produtor. Por isso, os extratos devem ser consultados com o certificado digital e-CPF do produtor rural. Se você usou um certificado vinculado ao CEI, os depósitos recentes não apareceram. Para ver o saldo correto, acesse com o certificado pessoa física do produtor que não tenha vinculação com o CEI.
Espero ter ajudado.