Olá Francielle, tudo bem?
Quando a empresa deixa de ser MEI, o empregado não pode mais ficar vinculado à lotação MEI001 no eSocial. Então precisará criar uma nova lotação tributária no sistema, correspondente ao regime em que a empresa está agora.
Fazer um evento S-2206 (Alteração de contrato) para transferir o empregado da lotação MEI001 para essa nova lotação.
Depois que o vínculo estiver ajustado, você conseguirá registrar a rescisão normalmente pelo evento S-2299 (Rescisão).
Assim o contrato de trabalho é encerrado corretamente e a baixa da empresa pode ser feita sem pendências.
Espero ter ajudado.