Olá Mário, tudo bem?
O correto é retificar o motivo da rescisão, alterando de "justa causa" para "sem justa causa", conforme determinado na conciliação judicial, enviando o evento S-2500, informando os dados do processo trabalhista e a decisão que impactou a informação originalmente enviada ao e-Social.
Esse procedimento garante que a alteração fique devidamente registrada como motivada por decisão judicial, e evita questionamentos ou penalidades futuras.
Como não haverá novo pagamento de verbas rescisórias, não haverá impacto financeiro nem geração de multa — desde que o envio do S-2500 ocorra corretamente e vinculado ao S-2299 retificado.
Segue o link da aula para melhor entendimento: https://alunos.contabilidadefacilitada.com/137981-departamento-pessoal-na-pratica/3227668-s-2500-processo-trabalhista
Espero ter ajudado.