Olá Thiago, tudo bem?
Você pode regularizar essa situação enviando os eventos de afastamento por férias diretamente do seu sistema para o e-Social. Como o e-Social segue uma ordem cronológica, é necessário iniciar pelos primeiros períodos de gozo não enviados, desde o início do vínculo.
Se já houver eventos posteriores (como alterações cadastrais, desligamentos ou novos afastamentos) transmitidos e validados com datas posteriores às férias pendentes, será necessário excluir temporariamente esses eventos no e-Social. Após isso, envie os afastamentos de férias em ordem cronológica e, em seguida, reenvie os eventos que foram excluídos.
Recomendo fazer esse ajuste com cuidado para evitar inconsistências, e manter os registros de férias sempre atualizados tanto no sistema quanto no e-Social.
Espero ter ajudado.