Olá Victor, tudo bem?
Mesmo informando o processo no eSocial, o FGTS Digital não reconhece automaticamente o pagamento judicial da multa de 40%. O sistema gera a cobrança porque ainda não tem integração total para esses casos. Você deve conferir se os eventos S-2500 e S-2501 foram enviados corretamente. Se estiver tudo certo e ainda assim a cobrança continuar, será necessário abrir um chamado no FGTS Digital com os documentos do processo e comprovantes de pagamento ou ir a Caixa Econômica federal e tentar resolver presencialmente.
Espero ter ajudado.