Regularizar uma empresa

Minha chefe transferiu os funcionários de uma empresa para outra de Dez 2017 para Janeiro de 2018.

Depois dessa transferência ela trocou de contabilidade e a empresa antiga ficou sem contador.

Ela está todos esses anos parada, esse ano eu fiz o certificado digital, parcelei todos os valores da divida ativa menos o FGTS. Pois não conseguimos dar o valor da entrada do parcelamento (é reparcelamento).

Alguém poderia me dar uma luz de por onde começo para regularizar e empresa?

OBS: A empresa foi desenquadrada do simples. Será que eu consigo enquadrar ela antes de parcelar o FGTS que está na divida ativa e ajuizado?