Como sabemos, os descontos dos impostos são feitos na Folha de Pagamento, deixando livre digamos assim o adiantamento.
Isso pode ter acontecido devido a alguma paramentizaçao no sistema, onde está descontando duas vezes esse imposto. Da uma olhada em seu sistema e veja se tem alguma aba selecionada que faz com que isso aconteça.
Espero ter ajudado.