Olá Patricia, tudo bem?
O empresário que trabalha na empresa deve ter pró-labore, com recolhimento de INSS (11% sobre o valor retirado). Contribuir como individual avulso até seria possível, mas sairia mais caro, com alíquota de 20%. Quanto às retiradas sem pró-labore, só são possíveis caso exista apuração contábil formal comprovando os lucros, para que possam ser lançadas como distribuição de lucros. Caso contrário, isso pode gerar riscos fiscais.
Espero ter ajudado.