Olá Tainá, tudo bem?
O funcionário recebe apenas o valor do FGTS da empresa que está o desligando. Cada empresa possui uma conta específica de FGTS para o trabalhador, e as movimentações de cada conta são realizadas separadamente por cada empresa. Quanto à multa de 40%, ela incide apenas sobre o saldo da conta do FGTS da empresa que está realizando a demissão sem justa causa. Ou seja, não se considera o saldo de outras empresas para o cálculo da multa, mas apenas o valor acumulado na conta do FGTS da empresa que está fazendo o desligamento.
Espero ter ajudado.