Olá Ana Paula, bom dia.
Todo CNPJ que precisa de CND do FGTS precisa fazer o envio da SEFIP sem movimento da primeira competência. Outra opção é ir até uma agência presencialmente e fazer o cadastro mas costuma ser mais demorado.
Não sei te informar se tem penalidades pois a empresa não era obrigada ao envio.
Espero ter ajudado.