Olá Stefany, boa tarde.
Não tem problema ser registrado em uma empresa e ter um contrato PJ com a mesma, desde que não tenha conflito de horários e a empresa e o cliente saibam separar muito bem as atividades.
Sugiro que seja feito um contrato de prestação de serviços com auxílio jurídico para respaldo de ambos das partes.
Espero ter ajudado.