Boa tarde, Sheila,
Boa pergunta, e é uma situação bem comum com servidores públicos municipais.
Antes de qualquer coisa, o caminho é comparar as fontes de informação para identificar onde está a divergência. Veja como fazer isso:
Acesse o e-CAC e consulte a Declaração Pré-Preenchida ou os rendimentos informados pela fonte pagadora. No e-CAC, vá em "Declarações e Demonstrativos" e depois em "Consulta de Informações sobre Rendimentos Declarados por Fontes Pagadoras". Ali você consegue ver exatamente o que a prefeitura informou à Receita Federal através da DIRF. Esse é o valor que a Receita tem registrado.
Agora pegue a Cédula C do holerite ou documento de rendimentos fornecido pela prefeitura ao seu cliente. O que está descrito ali precisa bater com o que foi declarado na DIRF. Se os valores forem diferentes, o erro está ou na prefeitura (que pode ter informado um valor errado na DIRF) ou no documento entregue ao servidor.
O ponto mais importante: a Receita Federal cruza os dados com o que a própria prefeitura declarou na DIRF, não com o que o servidor recebeu fisicamente. Então, se houver divergência entre o informe de rendimentos e a DIRF, você precisa primeiro descobrir qual dos dois está certo antes de declarar.
Para confirmar qual valor é o correto, peça ao seu cliente que solicite diretamente ao RH ou departamento de pessoal da prefeitura o comprovante de rendimentos oficial e também confirme se a DIRF foi retificada em algum momento. É comum prefeituras e órgãos públicos corrigirem a DIRF depois de já terem entregado o informe ao servidor, e o servidor fica com o documento desatualizado.
Se o valor da DIRF estiver errado, a responsabilidade é da fonte pagadora corrigir. Nesse caso, você não deve declarar o valor incorreto só para evitar a malha, pois isso pode gerar outros problemas. O correto é aguardar a retificação da DIRF pela prefeitura e só então enviar a declaração com o valor correto.