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Olá Jaqueline. Bom dia.
Nesta situação, o caminho correto não é pedir a restituição, mas sim emitir e pagar um DAE complementar (ou DAE de diferença).
A Secretaria da Fazenda do Estado da Bahia (Sefaz-BA) reconhece perfeitamente o pagamento complementar de um mesmo código de receita e vincula os recolhimentos ao histórico do contribuinte ou ao documento de origem (como a NF-e ou Notificação Fiscal correlata).
Como o vencimento foi ontem (25/06) e o cliente pagou a menor por ter aplicado indevidamente o desconto de 20%, o débito agora consta como parcialmente inadimplido e sujeito a acréscimos legais sobre a diferença.
Espero ter ajudado.
