Bom dia, Lilyane,
Essa situação, embora trabalhosa, tem solução e é mais comum do que parece. Vamos entender o caminho correto passo a passo.
O ponto de partida essencial é o artigo 59 do RICMS/SP, que estabelece que o ICMS é devido com base na legislação vigente no momento da ocorrência do fato gerador, e não com base no valor destacado no documento fiscal. Isso significa que o fato de a NF-e ter sido emitida com o ICMS calculado sobre a base integral não cria obrigação de recolher o imposto em excesso. O contribuinte deve ao Estado apenas o valor calculado sobre a base reduzida, conforme prevê a norma que concede o benefício. Esse princípio é fundamental para toda a análise que vem a seguir.
Como o cancelamento da NF-e já não é mais possível, a Carta de Correção Eletrônica (CC-e), embora permitida em outras situações, também não resolve aqui, pois ela é expressamente vedada para corrigir qualquer valor que impacte o cálculo do imposto, conforme o próprio Ajuste SINIEF 01/2007 e suas atualizações.
O procedimento correto para o emitente é promover o ajuste diretamente na apuração do período, de forma que o ICMS escriturado e recolhido corresponda ao valor efetivamente due com a aplicação da redução da base de cálculo. Para os contribuintes obrigados à Escrituração Fiscal Digital (EFD-ICMS/IPI), esse ajuste é formalizado por meio do Registro E111 do SPED Fiscal, utilizando o código de ajuste de apuração correspondente ao benefício concedido pelo RICMS/SP. Os códigos de ajuste para o Estado de São Paulo estão disponíveis na tabela publicada pela própria SEFAZ-SP. A descrição do ajuste deve ser clara, identificando as NF-e envolvidas, o dispositivo legal que fundamenta a redução da base de cálculo e o período a que se refere. Contribuintes que ainda utilizam somente a GIA-SP realizam o lançamento equivalente no campo de ajuste da apuração, com a devida identificação da origem do crédito de ICMS.
É igualmente possível, e em muitos casos recomendado, formalizar o ajuste com a emissão de uma NF-e de ajuste de apuração, com CFOP 1.949 ou 2.949 conforme o caso, que funciona como o documento de suporte para o lançamento no Registro E111 ou na GIA. Essa NF-e de ajuste deve conter, no campo de informações complementares, a descrição clara do motivo, indicando as notas originais, o dispositivo do RICMS/SP que ampara a redução e a metodologia de cálculo utilizada.
Há um ponto que merece atenção especial: o destinatário das notas fiscais. O artigo 61 do RICMS/SP estabelece que o adquirente pode se creditar apenas do ICMS efetivamente devido na operação, e não do valor destacado a maior. Se o destinatário já se creditou com base no valor integral destacado na NF-e original, ele estará com um crédito indevido em sua escrituração, o que configura uma irregularidade na conta dele. Por isso, é importante que o emitente notifique o adquirente sobre a situação, para que ele também promova o estorno do excesso de crédito utilizado. Essa comunicação pode ser feita por carta com aviso de recebimento ou por e-mail com confirmação, e deve ser guardada como prova da boa-fé do emitente.
Como o imposto do período ainda não foi recolhido, a situação é significativamente mais simples do que seria caso já houvesse pagamento a maior, pois não haveria necessidade de pedido de restituição ou compensação. O contribuinte simplesmente apura e recolhe o valor correto, com a apuração ajustada como descrito acima.
Por fim, vale um alerta prático: como as reduções de base de cálculo no RICMS/SP têm fundamentos e condicionantes específicos conforme o produto, a operação e o destinatário, é altamente recomendável que o contribuinte consulte formalmente a SEFAZ-SP por meio do sistema de Consulta Tributária caso haja qualquer dúvida sobre o enquadramento da operação no benefício, ou sobre o código de ajuste adequado a ser utilizado no SPED. Uma consulta tributária bem formulada produz uma resposta vinculante que protege o contribuinte de autuações posteriores.