Olá Maiza. Bom dia.
Vamos a sua primeira dúvida:
Não será automático. O profissional autônomo (pessoa física) precisará providenciar a sua própria inscrição.
A Receita Federal disponibilizará um sistema simplificado (provavelmente integrado ao portal Gov.br) para que o autônomo faça esse registro e obtenha o número do seu CNPJ. A Receita Federal já esclareceu formalmente que essa inscrição no CNPJ não transforma o autônomo em Pessoa Jurídica (empresa). Trata-se de um CNPJ meramente para "fins cadastrais". O profissional continuará atuando como Pessoa Física, mas usará esse número único de identificação para que o governo consiga rastrear e apurar os novos impostos (IBS e CBS).
Segunda dúvida:
Sim. A partir do momento em que a exigência entrar em vigor, o autônomo precisará emitir o documento fiscal eletrônico com o destaque dos novos impostos.
A emissão de documentos fiscais eletrônicos (como a NFS-e, para prestadores de serviços) passou a ser obrigatória para os contribuintes com o início da fase de testes da Reforma Tributária. Com a chegada do CNPJ do autônomo em julho de 2026, esse monitoramento se consolida:
Para quem presta serviços a Empresas (PJ): A emissão da nota já era essencial para a contabilidade de quem contrata, e agora passará a exigir a identificação do CNPJ cadastral do autônomo.
Para quem atende Pessoas Físicas (PF): Também haverá a necessidade de registrar a operação para fins de apuração da CBS e do IBS.
Espero ter ajudado.