Olá Flávio
Como as entregas são feitas apenas dentro do município, sem transporte interestadual, e com veículo de pequeno porte, este CNAE é válido para seu cliente.
Se o cliente passar a fazer entregas intermunicipais ou interestaduais, especialmente pelo Mercado Livre, o CNAE não será mais adequado, pois a Receita pode entender como transporte rodoviário de cargas, que não é permitido ao MEI. Nesse caso, ele precisaria migrar para ME (Simples Nacional).
Espero ter ajudado.