Olá Raiane, tudo bem? Como nossos colegas citou, você precisa verificar a situação cadastral do CNPJ, essa situação de pendência que você enviou é referente ao CPF.
Precisa verificar no e-cac o relatório fiscal da empresa para entender porque está INAPTO.
A partir disso você irá fazer a regularização do CNPJ e também do CPF que você já verificou as pendências.
Quanto ao CPF, também não consigo afirmar se enviando apenas a última declaração irá resolver, uma vez que aparece alguma pendência nas outras.
Você pode enviar apenas a última e verificar se irá sumir a pendência.
Espero ter ajudado!