Olá Daiane
Sim. MEI vai pagar Diferença de Alíquota na hora da entrada da mercadoria do Estado da Bahia.
Se a mercadoria vim com destaque de ST, o imposto já foi pago, caso contrário, precisa calcular e recolher o imposto.
Acesse o site da Sefaz Ba - Legislação - Anexo 1 ano 2025 , lá vai constar os produtos que são ST no Estado. Se a mercadoria que adquiriu constar nessa lista e o fornecedor não recolheu, seu cliente precisa realizar o cálculo da ST e recolher o imposto devido.
Espero ter ajudado.