Olá Ricardo
Nesse caso, te oriento a enviar sua manifestação na Ouvidoria do Ministério da Economia / Fazenda, ou entrar em contato com o Fale com o Simples, disponível no Portal do Simples Nacional. Se nenhuma dessas opções resolver o problema, a solução é ir pessoalmente a Receita Federal com as documentações comprobatórias.
Espero ter ajudado.