Olá, Fabiano, tudo bem?
Como você ainda está iniciando e quer atender principalmente MEIs, começar como contador autônomo pode ser uma boa estratégia para ganhar experiência, sentir a rotina e entender melhor sua demanda real de clientes. Nesse modelo, você pode emitir RPA (Recibo de Pagamento a Autônomo) para ficar regular junto ao clientes. Conforme for crescendo, se organizaria para abrir o CNPJ.
Espero ter ajudado.