Olá! Boa noite Jéssica.
Caso ele tenha uma conta Jurídica é mais fácil separar o que é da empresa e o que é da pessoa Física.
Por exemplo:
Ele recebe na conta física o valor da parcela do empréstimo que ele fez para outra pessoa, a forma dele provar que esse dinheiro não faz parte do rendimento com o MEI é fazendo um contrato de empréstimo com a pessoa.
E assim por diante, agora qualquer recebimento na conta PF que não tenha como comprovar existência precisa ser considerado como faturamento do MEI.
Espero ter ajudado.