Olá Victor, tudo bem?
O correto seria que o cliente já tivesse durante o ano preenchido o relatório de receitas mensais e no momento da declaração nós informadas o valor da receita do ano.
Mas sabemos que na prática, poucos fazem isso.
Então, o que você pode fazer é exatamente o que falou, solicitar todos os extratos bancários de todas contas bancárias onde ele faz movimentações do MEI e somar os valores recebidos para informar na declaração.
Mas quando você faz esse processo, pode cobrar um pouco mais por essa declaração.
Espero ter ajudado!