Boa tarde, Bruna,
Ótima pergunta, e é importante tratar esse assunto com cuidado porque envolve um risco real para o MEI.
Sobre o risco de a Receita Federal considerar esses valores como receita da atividade
Sim, há risco. A Receita Federal cruza informações bancárias com o faturamento declarado, e quando há uma movimentação financeira incompatível com a renda declarada, isso pode gerar uma malha fina ou até uma notificação. O fato de o MEI emitir notas fiscais não protege automaticamente os outros valores que entram na conta, especialmente se a soma total ultrapassar o limite de R$ 81 mil.
O MEI não é obrigado a ter conta bancária separada para a empresa, mas justamente por isso qualquer valor que entra na conta pessoal pode ser interpretado como receita da atividade se não houver como comprovar a origem diferente.
Sobre os valores recebidos de familiares
Se esses valores são de fato transferências pessoais sem relação com a atividade, eles precisam ser comprováveis como tal. Transferências entre familiares podem ser explicadas, mas se forem recorrentes, de valores expressivos e sem documentação de origem, a Receita pode questionar. A ausência de notas fiscais para esses valores não é necessariamente uma proteção, porque a ausência de nota pode ser interpretada como prestação de serviço informal.
Sobre a orientação para o próximo ano
Orientar o MEI a não centralizar esses valores na mesma conta é, sim, uma medida de organização financeira prudente. Separar as movimentações pessoais das profissionais evita confusão e facilita a comprovação caso haja alguma fiscalização. Se possível, o ideal é que as transferências de familiares sejam feitas para uma conta que não seja a mesma utilizada para receber os pagamentos da atividade de MEI.
Resumindo o ponto mais importante
O limite do MEI considera o faturamento da atividade, não a movimentação bancária total. Mas o problema prático é que, na visão de uma fiscalização, o que aparece na conta é movimentação, e cabe ao contribuinte provar que parte daquilo não é receita. Quanto mais organizada for essa separação, menor o risco.