Bom dia, Andreia,
Essa é uma dúvida muito comum e importante, então vou explicar com cuidado.
A resposta curta é: não necessariamente, mas depende de alguns fatores.
O Bolsa Família e o Imposto de Renda são programas administrados por sistemas diferentes dentro do governo, mas eles se comunicam. A Receita Federal cruza dados com o CadÚnico, que é o cadastro usado para o Bolsa Família, e isso pode gerar inconsistências que levam à revisão ou até suspensão do benefício.
O ponto central aqui é a renda familiar per capita. O Bolsa Família tem como critério que a renda por pessoa na família seja de até R$ 218,00 mensais. Se o pai declara os filhos como dependentes no Imposto de Renda, isso não transfere renda para eles automaticamente, mas pode chamar atenção para a situação familiar no cruzamento de dados.
O que pode de fato causar problema é se o pai paga pensão alimentícia para os filhos. Esse valor, quando recebido, deve ser informado no CadÚnico como renda da família da mãe. Se a pensão não estiver declarada no cadastro e o governo identificar esse pagamento por outros meios, pode caracterizar uma inconsistência cadastral, o que pode levar à suspensão do benefício.
Outro ponto importante: o simples fato de o pai ter renda suficiente para declarar o Imposto de Renda não impede que os filhos estejam no Bolsa Família com a mãe, desde que a composição familiar e a renda da mãe estejam corretas no CadÚnico. O que importa para o Bolsa Família é a renda do grupo familiar cadastrado com a mãe, não a renda do pai separado.
Então, o risco real existe se houver pensão alimentícia não informada no CadÚnico, ou se o CadÚnico estiver desatualizado de alguma forma. A orientação é sempre manter o cadastro atualizado e declarar todas as fontes de renda corretamente para evitar problemas futuros.