Olá Denilson
Primeiro passo é acessar o ECAC desse CNPJ e tira um relatório de situação fiscal para saber quais declarações e pendências existe. O ECAC pode ser acessado com certificado digital da empresa ou por procuração para seu CPF.
Com o relatório em mãos, você irá enviar as declarações acessórias em aberto, que vai gerar multas devido ao tempo.
Se sua intenção é baixar a empresa, você já pode solicitar a baixa diretamente, não precisando passar pelo processo de alteração Contratual para depois solicitar a baixa, mas se o CNPJ continuar a funcionando, será preciso solicitar alteração Contratual na Junta Comercial do Estado (Viabilidade - DBE - Requerimento Eletrônico).
O CNPJ está inativo, devido a falta de envio das declarações, após o envio das mesmas, o CNPJ volta a estar ativo.
Espero ter ajudado.