Olá Valéria
Mesmo sendo automático, é recomendável comunicar no Portal do Simples/SIMEI, porque o sistema nem sempre atualiza a Consulta Optantes na hora. A comunicação garante que o status fique correto e alinhado com o CNPJ.
Em relação as Pendências, regularize antes de dar entrada na Junta Comercial. Assim você evita problemas como bloqueios, novas exclusões ou divergências no CNPJ após o registro da alteração.
E só reforçando, estamos orientando os alunos quanto a 2ª regra da comunidade, pedimos sempre que cada postagem traga apenas uma dúvida por vez, assim conseguimos responder com mais agilidade e profundidade no tema.
Espero ter ajudado!