Olá Viviane,
Você precisa gerar a guia com a diferença do valor que ultrapassou o limite, fazer o desenquadramento e dar entrada no processo na Junta Comercial do Estado do Mei da sua cliente. Inclusive poderá fazer inclusão de novos cnaes
Tem aulas com o professor Lian ensinando a fazer todo esse processo. Nas mentorias da prática contábil.
Espero ter ajudado.