Olá Kenia, tudo bem?
No caso do MEI, realmente não existe alternativa: as notas fiscais serão emitidas com a razão social, pois o nome fantasia foi descontinuado para esse tipo de registro. Já para empresas do Simples Nacional, é possível emitir notas com nome fantasia normalmente, se o layout do site da prefeitura permitir (mas precisa verificar como é no site da prefeitura local, geralmente todas tem essa opção).
Espero ter ajudado!