Olá Kelly
O registro de Funcionários pode ser feito através do Portal do E-social (Forma direta) como também através de um sistema Contábil, que envia as informações para o E-social onde precisa entrar no Ecac e emitir a guia pela DCTFweb (forma indireta).
Ambos os caminhos estão corretos, veja qual melhor te atende.
Se já possue sistema Contábil, particularmente também lhe indicaria, pois as Folhas de pagamento e contra cheque é mais completo do que os modelos disponíveis diretamente no e-social.
Espero ter ajudado.