Olá Sandra
Sua pergunta ficou um pouco confusa. Tentar responder de acordo com meu entendimento.
A baixa da empresa é do MEI Desenquadrado? Se sim, o processo de baixa será semelhante a uma empresa normal (as que não são MEIs). Precisa solicitar DBE de extinção e protocolar na Junta Comercial do Estado.
As declarações, se for as pendências da empresa, você consegue sim enviar sem precisar solicitar a alteração Contratual.
Espero ter ajudado.