Boa tarde, Edilson,
Que ótima pergunta, e é mais comum do que parece essa situação.
Na sua declaração (pai/mãe que emprestou):
Você declara normalmente o empréstimo feito ao seu filho, mesmo que o dinheiro tenha ido direto para a conta de terceiros. O que importa para o Fisco é a origem e o destino econômico do recurso: o dinheiro saiu do seu patrimônio e foi cedido ao seu filho a título de empréstimo. Registre na ficha de Bens e Direitos usando o código 51 (Crédito Decorrente de Empréstimo), informando o nome e CPF do seu filho como devedor, o valor e uma breve descrição explicando que o pagamento foi feito diretamente a terceiro por instrução dele.
Na declaração do seu filho:
Sim, ele também precisa declarar, mesmo sem o dinheiro ter passado pela conta dele. O empréstimo gerou uma obrigação no patrimônio dele, ou seja, ele tem uma dívida com você. Ele registra na ficha de Dívidas e Ônus Reais, com o código correspondente a empréstimos com pessoas físicas, informando seu nome e CPF como credor e o valor devido.
O fato de o dinheiro ter ido direto ao terceiro é apenas uma questão operacional, mas não muda a natureza jurídica da operação: você emprestou ao seu filho, e ele utilizou o recurso para pagar uma obrigação dele com outra pessoa.
Um ponto importante: é altamente recomendável que esse empréstimo esteja formalizado, mesmo que de forma simples, por meio de um contrato ou recibo assinado, com valor, prazo e condições de pagamento. Isso protege os dois em caso de qualquer questionamento futuro pela Receita Federal.