Olá Elimaura, tudo bem?
Tem a opção de realizar o pedido de parcelamento, sim.
Nessa situação, já que sua cliente deseja realizar a baixa do MEI, realize primeiro a baixa do MEI (temos aula sobre este tema no nosso curso prático de MEI) e após, você vai na aba onde gera as guias do MEI e apurar todas essas que estão em aberto e após isso, solicite o pedido de parcelamento (até o momento ainda pode ser feito através do site do e-cac e também temos aula sobre isso no curso prático do MEI).
Se você fizer desta forma, conseguirá incluir todo débitos em aberto tanto de 2023 quanto de 2024 no parcelamento.
Caso peça o parcelamento antes de realizar a baixa do MEI, só será incluso os débito de 2023. Os de 2024 a sua cliente precisaria pagar normalmente.
Espero ter ajudado!