Boa tarde, Kaio,
O imposto complementar na declaração do IRPF é um assunto que gera bastante confusão, então vou explicar de onde ele vem e como identificar o que pode ter gerado a malha fina da sua cliente.
O imposto complementar aparece na declaração quando o contribuinte recebe rendimentos de mais de uma fonte pagadora ao longo do ano e a soma desses rendimentos, na declaração, resulta em um imposto maior do que a soma das retenções feitas por cada fonte separadamente. Isso acontece porque cada fonte pagadora calcula o imposto retido de forma isolada, aplicando a tabela progressiva só sobre o valor que ela paga, sem considerar o que as outras fontes estão pagando ao mesmo tempo. Quando o ajuste anual consolida tudo, o imposto recalculado sobre a base total pode ser maior do que o que foi retido.
Esse campo fica em "Outras Informações" na declaração, e o próprio programa da Receita calcula o valor automaticamente quando identifica que há mais de uma fonte de rendimentos tributáveis. O contribuinte não preenche esse campo manualmente; ele é gerado pelo sistema com base nos rendimentos declarados e nas retenções informadas nos recibos de rendimento (o famoso informe de rendimentos).
Quanto à malha fina especificamente por esse motivo, o cenário mais comum é o seguinte: a Receita Federal cruza o que foi declarado como imposto complementar com o que ela já tem nos registros das fontes pagadoras. Se o valor declarado não bate com o que seria esperado dado o conjunto de rendimentos informados, ou se o imposto complementar calculado não foi recolhido via DARF (quando exigido), o sistema retém a declaração para verificação.
Para ajudar a sua cliente a resolver, o caminho é acessar o extrato da declaração no portal Meu Imposto de Renda, que indica exatamente qual a pendência apontada pela Receita. Lá vai aparecer se a divergência é de valor calculado, de recolhimento em atraso ou de alguma inconsistência nos rendimentos que gerou um imposto complementar diferente do esperado. A partir desse diagnóstico fica mais fácil definir se cabe uma declaração retificadora ou se é necessário recolher algum DARF em atraso com os acréscimos legais.
Se quiser compartilhar mais detalhes da situação dela, como quantas fontes pagadoras ela tinha e se o imposto complementar constava como calculado no programa ou se houve alguma alteração manual, consigo ajudar a identificar a origem do problema com mais precisão.