Boa tarde, Thiago
Você está no caminho certo, mas vale detalhar um pouco mais o procedimento para garantir que tudo seja feito da forma mais segura possível.
Quando o laudo de isenção por moléstia grave é deferido com efeitos retroativos, como ocorreu no caso do seu cliente, os rendimentos de aposentadoria relativos ao período anterior ao deferimento também passam a ser isentos do Imposto de Renda, desde que se enquadrem nos critérios legais. A base legal está no artigo 6º, inciso XIV, da Lei 7.713 de 1988, que isenta os proventos de aposentadoria recebidos por portadores de moléstia grave, independentemente da data em que a doença foi diagnosticada, desde que devidamente comprovada.
O problema que você descreveu é muito comum: a fonte pagadora do plano de previdência privada não teve acesso ao laudo e, por isso, reteve e declarou os valores como tributáveis. Isso gera inconsistência na declaração quando o contador lança tudo como isento, o que explica a malha fina.
O procedimento correto envolve basicamente dois caminhos que precisam ser seguidos em conjunto.
O primeiro é regularizar junto à fonte pagadora da previdência privada. Você deve apresentar à entidade de previdência complementar o laudo de isenção deferido pelo INSS, formalmente, para que ela emita uma declaração de rendimentos retificada, reconhecendo os valores como isentos para os anos alcançados pela retroatividade. Com esse documento em mãos, você terá respaldo documental para as declarações.
O segundo é resolver a malha fina na Receita Federal. Você está certo em abrir um processo administrativo no e-CAC. O caminho dentro do portal é acessar a opção de "Atendimento" e em seguida "Solicitar Serviço via Processo Digital", onde você protocolará um dossiê com os seguintes documentos: o laudo médico pericial do INSS com a data de início da doença e o período de vigência da isenção, o histórico de rendimentos do INSS mostrando a classificação como isento a partir do deferimento, e a comprovação de que a previdência privada estava lançando os valores como tributáveis sem conhecimento do laudo. Se já houver a declaração retificada da fonte pagadora da previdência privada, inclua também.
Vale destacar que, dependendo dos anos em que houve retenção indevida, pode ser pertinente analisar a possibilidade de restituição dos valores retidos na fonte pela previdência privada. Isso pode ser feito por meio de declarações retificadoras dos anos anteriores, amparadas pelos mesmos documentos, sempre respeitando o prazo decadencial de cinco anos.
Em resumo, o procedimento que você identificou está correto. O ponto de atenção é garantir que a fonte pagadora privada emita documentação retificada antes ou em paralelo ao processo no e-CAC, para que a Receita Federal tenha a cadeia documental completa ao analisar o caso.