Boa tarde, Rafael
Quando uma empresa recebe ou paga valores decorrentes de uma ação trabalhista, o tratamento contábil vai depender do ponto de vista de quem está registrando. Vou assumir que a dúvida é do lado da empresa que pagou a indenização, que é o caso mais comum.
Do lado de quem paga (a empresa reclamada)
Os valores pagos em decorrência de condenação ou acordo trabalhista devem ser registrados como despesa, geralmente na conta de Despesas com Pessoal ou em uma conta específica de Indenizações Trabalhistas, dependendo do plano de contas adotado. Se a empresa já tinha feito uma provisão para contingências trabalhistas (o que é a prática correta quando existe uma ação com probabilidade provável de perda), o pagamento vai dar baixa nessa provisão. Caso não tenha havido provisão prévia, o valor entra diretamente como despesa do período.
É importante separar o que é indenização propriamente dita do que são encargos que podem incidir sobre o acordo, como contribuições previdenciárias sobre certas verbas e o imposto de renda retido na fonte, quando aplicável.
Do lado de quem recebe (o trabalhador ou ex-empregado)
Esse ponto é relevante se a dúvida vier de uma pessoa física ou de um escritório que orienta o cliente recebedor. De forma geral, verbas de natureza indenizatória reconhecidas pela Justiça do Trabalho são isentas de Imposto de Renda, com base na legislação e em entendimentos consolidados. Já verbas de natureza salarial incluídas no acordo, como horas extras, férias vencidas e 13º salário, são tributáveis normalmente.
Na contabilidade da empresa, o lançamento básico seria:
Débito em Despesas com Indenizações Trabalhistas (ou baixa da provisão, se existir) e Crédito em Caixa ou Banco, pelo valor efetivamente pago.
Se houver honorários advocatícios pagos pela empresa em decorrência da ação, esses valores costumam ser registrados em Despesas com Honorários Advocatícios ou Despesas Jurídicas, separados do valor principal da indenização.
Caso a empresa ainda esteja em fase de processo, sem pagamento realizado, e a probabilidade de perda for avaliada como provável, a NBC TG 25 orienta que se reconheça uma provisão para contingências, com débito em Despesas e crédito em Provisão para Contingências Trabalhistas, no passivo.
Se quiser detalhar mais algum ponto específico, como o tratamento do INSS sobre o acordo ou a questão do IRRF, é só perguntar.