Boa tarde, Danieli,
Que ótima pergunta para quem está no último semestre, e já demonstra bastante maturidade profissional ao identificar esse tipo de situação na prática.
Vamos por partes, porque a situação tem algumas camadas distintas.
Sobre a ausência de notas fiscais
Essa é a questão mais sensível. Como ele presta serviços de mecânica como microempresário individual (presumo que seja MEI ou ME no Simples Nacional), a emissão de nota fiscal é obrigatória sempre que o cliente for pessoa jurídica, e recomendada para pessoa física também, especialmente para comprovar a origem das receitas. Operar sem emitir nota, além de ser uma irregularidade fiscal, cria um problema contábil sério: como demonstrar de onde vêm as receitas?
O caminho para regularizar essa parte é, na prática, difícil de fazer retroativamente com precisão, porque as notas são emitidas no ato da prestação do serviço. O que ele pode e deve fazer é, a partir de agora, emitir todas as notas corretamente, sem exceção. Para o período anterior, o contador que for assessorá-lo precisará avaliar se há alguma exposição a autuação e qual a melhor forma de tratar isso, especialmente se os valores forem relevantes.
Sobre os recebimentos na conta pessoa física
Aqui a situação é delicada, mas tem saída. O simples fato de os valores terem caído na conta PF não significa necessariamente que a Receita Federal vai entender que são rendimentos tributáveis como pessoa física. O que vai determinar isso é a natureza e a origem do dinheiro, que no caso são receitas de prestação de serviço da ME.
Para o Imposto de Renda do ano que vem (referente ao exercício de 2025), o que vai importar é se ele consegue demonstrar que esses valores são receitas da empresa, e não rendimentos pessoais. Para isso, o ideal é que o contador faça um levantamento de tudo que entrou na conta PF entre janeiro e abril e que seja possível identificar como receita da atividade da ME, seja por transferências de clientes, comprovantes de pagamentos recebidos ou qualquer outro registro.
Se ele não emitiu notas, mas tem outros registros (como pagamentos via PIX com identificação do cliente, recibos informais, registros em caderno ou aplicativo), esses documentos ajudam a reconstruir o faturamento do período.
O que fazer agora, na prática
O primeiro passo é organizar tudo. Extratos bancários da conta PF do período de janeiro a abril, qualquer comprovante de recebimento que ele tenha guardado, e começar a emitir as notas fiscais de imediato pela conta do CNPJ. O contador que ele contratar vai precisar dessas informações para orientar corretamente o registro das receitas, o preenchimento das declarações do Simples Nacional e, quando chegar a hora, o IR 2026.
Você fez bem em indicar que ele converse com um contador. Para o histórico sem notas, não existe uma fórmula genérica de regularização, porque depende do volume de faturamento, do município (que pode ter fiscalização de ISS), e de como está a situação das declarações mensais do Simples. O contador vai conseguir ver tudo isso junto e indicar o caminho com mais segurança.
O mais importante agora é não deixar continuar assim. A separação das contas que ele já fez é um passo positivo e correto.