Olá Lorena
Como ele já foi desenquadrado, terá que realizar a alteração Contratual migrando para ME. Veja também se foi desenquadrado do Simples Nacional.
Ao regularizar as pendências, o CNPJ volta a ficar ativo. As vezes demora para compensar, mas assim que atualizar o sistema o CNPJ será reativado.
Espero ter ajudado.