Olá Fernanda, tudo bem?
Sim, existe o risco de a Receita Federal considerar esse valor como faturamento do MEI, porque os valores recebidos na conta PF podem ser entendidos como receita da atividade do MEI, já que ele não é obrigado a ter uma conta PJ.
O seu cliente pode tentar documentar essa situação, para esclarecer formalmente caso seja necessário a origem dos R$ 90 mil recebidos, comprovando que o valor é referente à venda de um veículo por um terceiro (amigo) e não tem relação com a atividade econômica do MEI. Sugiro que:
O amigo pode então fornecer um comprovante de venda do veículo (contrato de compra e venda, recibo ou escritura do carro), que confirme que o valor é de outra operação.
Mas, alerte o seu cliente para evitar emprestar a conta bancária no futuro, pois isso pode gerar complicações fiscais.
Espero ter ajudado!