Olá Andressa
Depende do valor que ultrapassou.
Se o Faturamento ultrapassou o limite de até 20% do limite permitido, ou seja, esse MEI Faturou até 97.200, precisa enviar a declaração Anual do MEI e próprio sistema irá gerar uma guia complementar do valor que ultrapassou os 81Mil, e esse MEI será desenquadradado a partir de Janeiro.
Se ultrapassou mais que isso, sistema não permite o envio da declaração anual do MEI, pois precisa retroagir o enquadramento para Janeiro e apurar os impostos dentro do PGDAS (Simples Nacional) mês a mês, de acordo com o Faturamento mensal.
Espero ter ajudado.