KK
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Olá! Bom dia.
O registro na ANTT vai ser feito no CPF do MEI.
segue link dos requisitos: Utilizar o TAC
Requisitos — Agência Nacional de Transportes Terrestres - ANTT (www.gov.br)
Para a emissão do CT-e você precisa ver na receita estadual se existe forma de emissão gratuita, no Sebrae também é um opção de verificação, ou então contratar um emissor.
Espero ter ajudado.