Olá Márcio, tudo bem?
Para um MEI que registrou funcionário, além do eSocial para informar a folha de pagamento, é necessário entregar a DCTFWeb. O MEI não está obrigado a entregar ECD ou ECF. A obrigação principal é:
eSocial: enviar mensalmente as informações da folha de pagamento.
DCTFWeb: para emissão da guia com os encargos do funcionário.
DAS: pagamento mensal do MEI, que continua normalmente.
Espero ter ajudado.